PROF. DR. ŞÜKRAN ÇAKIR ARICA

Türkiye’de HIV’e direnç ile ilgili mutant CCR5-?32 allel sıklığının araştırılması Investigation of the frequency of mutant CCR5-?32 allel related to HIV resistance in Turkey

Türkiye’de HIV’e direnç ile ilgili mutant CCR5-?32 allel sıklığının araştırılması Kazanılmış İmmün Yetmezlik Sendromu, AIDS, HIV olarak adlandırılan bir virüsün immün sisteme saldırması ile ortaya çıkar. İnfeksiyon yapan bu virüsün hücrede kendini kopyalaması hücreye hasar verir. HIV çoğunlukla hastalıkla savaş sırasında immün sistemde oluşan CD4+ ya da T-yardımcı lenfosit hücreleri olarak bilinen beyaz kan hücrelerinden T lenfositlerini infekte eder. Bazı insanlar HIV’e karşı direnç ya da kısmen bağışıklık sağlayan bir genetik mutant kemokin 5 reseptörüne (CCR5) sahiptir. Mutant CCR5 alleli insan genomunda HIV’e dirençle ilgili olarak bilinir. İnsan kemokin reseptör 5 (CCR5) genindeki 32 baz çiftlik bir delesyon bundan sorumludur. HIV’in CD4+ T hücrelerini infekte etmesi için CCR5 reseptörüne saldırması gerekir. Bu mutasyona sahip insanlar ya CCR5 reseptörüne sahip değildir ya da ortalama bir kişidekinden az CCR5 reseptörüne sahiptir. Homozigot bireylerde CCR5-?32 allelinin varlığı HIV’in tekrar aktarılmasında çok güçlü bir koruma sağlamaktadır ve heterozigot bireylerde hastalığın tipik süreci iki yıl gecikir. Tahmin edilmektedir ki mutant CCR5-?32 için Avrupa’nın %81’i doğal-tip, %18’i heterozigot ve %1’i mutant homozigottur. Ne yazık ki Türkiye için bu allelin sıklığı hakkında yeterli veri yoktur. Bu çalışmanın amacı bu mutant allel frekansının Türkiye’nin tüm coğrafik bölgelerinden seçilen 400 bireyde PCR metodu ile belirlemektir. Örnekler Ankara Gazi Mustafa Kemal Devlet Hastanesinden temin edilmiştir. Bu çalışmada, Türkiye’de yabanıl allel sıklığı 0.9738, mutant allel sıklığı ise 0.0262 bulunmuştur. Bununla birlikte test edilen bireylerde hiçbir CCR5-?32 homozigot birey saptanmadı. En yüksek ?32 allel sıklığı İç Anadolu Bölgesi’nde bulundu (0.0726). En düşük ?32 allel sıklığı Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde ve Akdeniz Bölgesi’nde bulundu (0.0093). Bu mutant allel sıklığı Ege Bölgesi’nde 0.0175, Karadeniz Bölgesinde 0.0410, Doğu Anadolu Bölgesi’nde 0.0278 olarak bulundu. Marmara Bölgesi’nde mutant allel yoktu (0.000). Gözlenen ve beklenen genotipik sıklıklar benzerdi, test edilen popülasyonlar Hardy-Weinberg dengesinden önemli bir sapma göstermedi. Batı Avrupa’da genel olarak kuzeyden güneye doğru ?32 sıklığında gittikçe azalma olduğu bildirildi. Genel olarak, Türkiye’de yapılan bu çalışmanın sonuçları ile bu bulgular ilişki gösterdi. Anahtar Kelimeler: HIV, AIDS, CCR5-?32, Türkiye, popülasyon

Türkiye’nin bazı yerli koyun ırklarında genetik polimorfizmin mikrosatelit yöntemi ile analizi

Bu çalışmada, Türkiye’nin Bafra, İvesi, Karayaka, Morkaraman, Sakız ve Türk Merinosu olarak adlandırılan 6 yerli koyun ırkında ırk içi ve ırklar arasındaki genetik polimorfizm mikrosatellit analizi ile belirlendi. Bu ırklardan Morkaraman ve Türk Merinosu JMP29 ve JMP58 mikrosatellit lokusu için gümüş nitrat ve otoradyografi yöntemi kullanılarak analiz edildi. Ayrıca tüm ırklar MAF209, MAF65, OarCP34, DYMS1 lokusları için otomatik DNA dizi analiz cihazı kullanılarak tarandı. Elde edilen bütün veriler ?Genetix 4.05? ve ?Populations 1.0? istatistik programları kullanılarak değerlendirildi. En yüksek heterozigotluk değerlerinin (0.596-0.961) MAF209 lokusunda, en düşük heterozigotluk değerlerinin (0.178-0.256) ise OarCP34 lokusunda olduğu gözlendi. Tüm ırklar içinde en yüksek heterozigotluğa sahip ırkın Türk Merinosu olduğu belirlendi. MAF209, MAF65, OarCP34, DYMS1 lokusları için ırklar arasında genetik mesafe 0.0347 ile 0.3021 değerleri arasında bulundu. Bu değerlere göre en kısa mesafe Sakız ve Morkaraman ırkları arasında gözlendi ve en uzak mesafe ise Türk Merinosu ve İvesi ırkları arasında gözlendi. Tüm lokuslar için 9 özgün allelin 6’sının Türk Merinosu ırkında, 3’ünün ise Bafra ırkında olduğu gözlendi. Ancak bu allellerin sıklıkları 0.2’den küçük bulundu. Bu çalışma Türkiye’nin yerli koyun ırklarında mikrosatellit belirleyicileri ile yapılan sayılı çalışmalardan birisi olması nedeni ile önem taşımaktadır. Türkiye’nin koyun ırklarının mikrosatellit belirleyiciler kullanılarak moleküler genetik karakterizasyonu için daha fazla bireylerin ve lokusların dahil olduğu çalışmalardan elde edilen verilere ihtiyaç vardır.

Bu çalışmada, iyonize radyasyonun in vitro ortamda insan kan hücreleri üzerine etkisi araştırıldı. Bu amaçla 20-25 yaş arasında, 5’i sigara kullanan, 5’i kullanmayan 10 bay ve 10 bayandan oluşan 20 sağlıklı bireyden elde edilen kan örneklerine 1000 cGy dozunda gama radyasyonu uygulandı. Daha sonra bu bireylerin kan örneklerindeki mikronükleus oluşumu, kromozom hasarı ve diğer hücresel hasarlar gibi dejeneratif değişiklikler Nikon Elipse E600 marka ışık mikroskobu ile belirlendi. Kan örneklerinin alkalen fosfataz (ALP) ölçümlerinde Modüler P800 marka analiz cihazı kullanıldı. Uygulama sonuçları, radyasyonun kan hücrelerinde membran hasarı, vakuolizasyon ve mikronükleus oluşumu gibi sitolojik hasarlara ve kırık, disentrik, halka (ring) ve boşluk (gap) gibi kromozom hasarlarına neden olduğunu gösterdi. Buna ilave olarak ALP ölçümleri sonucunda, bazı örneklerin ALP düzeylerinde artış gözlenirken, bazı örneklerin ALP düzeylerinde ise düşüş gözlendi. ALP düzeylerindeki bu artış ve düşüşler radyasyonun etki mekanizmaları ile ilişkili olabilir. Bu çalışma sonuçları terapide kullanılan iyonize radyasyonun korunulması gerekli bir etken olduğunu gösterdi çünkü o sağlıklı kan hücrelerinde morfolojik, kromozomal ve biyokimyasal hasarlara neden olabilir. Anahtar Kelimeler : İyonize Radyasyon, Mikronükleus, Morfolojik Hasar Kromozom Hasarı, Alkalen Fosfataz (ALP).

Türkiye’nin iki yerli koyun ırkının (Türk merinosu ve morkaraman) genotipik farklılaşmalarının RAPD-PCR metodu ile moleküler analizi

Zengin gen kaynaklarına sahip Anadolu’da 20’ye yakın koyun ırkı bulunmaktadır. Islah çalışmaları sırasında ırkların gen havuzunda gen çeşitliliği azalmaktadır. Bu nedenle yerli ırkların orjinal gen havuzları tanımlanmalı ve korunmalıdır. Bu çalışmada Türkiye’nin iki yerli koyun ırkının (Türk Merinosu ve Morkaraman) genetik tanımlanmasında Polimeraz Zincir Reaksiyonuna Dayalı Rasgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPD) yöntemi kullanıldı. Irklar arası genetik mesafe ve genetik polimorfizm tespit edildi. Çalışmada kullanılan iki yerli ırk rasgele seçilen 10 RAPD primeri ile tarandı ve bunların 5 tanesi ile toplam 24 lokus elde edildi. Bu lokuslarda 225-750 bç arasında değişen uzunluklarda bantlar gözlendi. Nei’nin genetik analiz yöntemine dayalı POPGENE paket programı kullanılarak veriler analiz edildi ve lokuslardan 23’ünün polimorfik olduğu belirlendi. Polimorfik lokus yüzdesi Türk Merinos’unda % 58.33, Morkaraman’da % 66.67 olarak bulundu. Irklar arasındaki genetik farklılık 0.2548, ırk içi genetik farklılık 0.2135 ve populasyonlar arasındaki farklılaşmanın büyüklüğü ise 0.1813 idi. Heterozigotluk Türk Merinos’unda 0.1792, Morkaraman’da ise 0.2489 olarak hesaplandı. Sonuç olarak, bu çalışmada elde edilen veriler Türkiye’nin biyolojik zenginliğinin bir parçası olan Türk Merinosu ve Morkaraman ırklarının tanımlanması açısından önemlidir. Gelecekte bu iki koyun ırkının daha fazla RAPD primeri kullanılarak moleküler genetik analizi yapılacaktır. Anahtar kelimeler : Koyun, RAPD-PCR, genetik polimorfizm, Morkaraman, Türk Merinosu.

Myrtus communis, Pistacia terebinthus, Conyza bonariensis bitkilerinin antigenotoksik ve antimikrobiyal aktivitelerinin araştırılması Investigation of antigenotoxic and antimicrobial activity of Myrtus communis, Pistacia terebinthus, Conyza bonariensis plants

Myrtus communis, Pistacia terebinthus, Conyza bonariensis Bitkilerinin Antigenotoksik ve Antimikrobiyal Aktivitelerinin Araştırılması Antik çağlardan beri, çeşitli hastalıkların tedavisinde geleneksel tıp yöntemi olarak bitkisel ekstraktlar kullanılmıştır. Son yıllarda, bitki ekstraktlarının antibakteriyel, antifungal, antimutajenik ve antioksidan etkilerinden dolayı kullanımları artmıştır. Bitkisel ilaçlar genellikle etkili olarak kabul edilmekle beraber, bazen ciddi yan etkilere neden olabilirler. İnsanlar tarafından kullanılan bitkilerin mutajenik ve karsinojenik etlilere sahip olabileceği ve ilaçlarla bitkilerin kombine kullanımının yan etkilere neden olabileceği bilinmektedir. Bu nedenle, tedavi amaçlı kullanılacak olan bitkiler ve bitkisel ürünler kesin bir şekilde test edilmeden kullanılmamalıdır. Özellikle bitkilerin antibiyotiklerle ve diğer ilaçlarla birlikte kullanılmadan önce test edilmesi gerekirliliği üzerinde durulmuştur. Bu çalışmada 3 bitki ekstraktının (Myrtus communis, Pistacia terebinthus, Conyza bonariensis) 0,5 mL, 2.5 mL ve 5 mL’lik konsantrasyonlarının genotoksik ve antigenotoksik etkileri Drosophila melanogaster’da kanat Somatik Mutasyon ve Rekombinasyon Testi (SMART) kullanarak araştırmıştır. Bitki ekstraktları farklı dozlarda transheterozigot larvalara uygulanmıştır ve kanat kılları mikroskop altında incelenmiştir. Buna ilâve olarak her kanatta gözlenen mutasyonlar sayı ve tipine göre sınıflandırılmışlardır. Uygulamalar sonucunda Myrtus communis, Pistacia terebinthus, Conyza bonariensis bitkilerinin sulu ekstraklarının genotoksik etkisi bulunmamıştır. Bu bitkilerin antigenotoksik etkisini araştırmak için, mutajenik kimyasal olduğu iyi bilinen AF B1 kullanılmıştır. Bu amaçla 3 bitki ekstraktı Aflatoxin B1 ile kombine uygulanmıştır. Çalışmanın sonuçlarına göre, en yüksek toplam mutasyon frekansı Pistacia terebinthus’un 5 mL denemesinde (0,51) belirlenmiştir. Toplam mutasyon frekansı Conyza bonariensis’in 0,5 mL ektraktında (0, 33) ve Myrtus communis’in 0,5 mL ektraktında ise (0,24) izlemektedir. İstatistiksel analizlere göre, Myrtus communis ve Conyza bonariensis bitkileri toplam mutasyon yüzdesini azaltmada anlamlı etki göstermiş, fakat Pistacia terebinthus bitkisinin ekstraktı anlamsız antigenotoksite göstermiştir. Ayrıca bu çalışmanın son aşamasında, aynı bitkilerle hazırlanan eksatrakların antimikrobiyal etkileri araştırılmıştır. bu bitki uçucu yağlarının Nistatin (100 U), Seftazidim (30?g) ve Seftriakson (30?g) antibiyotiklerle beraber kullanıldığında meydana gelen etkileri invitro olarak araştırıldı. Elde edilen ekstraktların antibakteriyel etkileri disk difüzyon yöntemi kullanılarak Escherichia coli, Micrococcus luteus, Streptococcus mutans, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Trichophyton rubrum’a karşı denemiştir. Çalışma sonucunda bu bitki ekstraktlarının adı geçen test mikroorganizmaları üzerine farklı değerde antibakteriyel ve antifungal aktiviteleri olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca denenen test bakterileri üzerine bitki ekstraktlarını üç farklı antibiyotik ile in-vitro etkileşimleri de farklılık göstermiştir. Anahtar Kelimeler: Myrtus communis, Pistacia terebinthus, Conyza bonariensis, Somatik Mutasyon ve Rekombinasyon Testi, SMART, antigenotoksik, antibakteriyel, antifungal, Disk difüzyon metodu