PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA

Sequence specific inhibition of human chemokine gene, CXCL7, by small interfering rnas in lewis lung carcinoma cells İnsan CXCL7 geninin deneysel akciğer kanseri modelinde sekans spesifik sirna yöntemi ile inhibisyonu

siRNA’lar (küçük, hücresel süreçlere etki eden ribonükleik asit) 20-25 nükleotit boyundaki çift sarmallı ribonükleik asitlerin Dicer adı verilen ribonükleaz III enzimi tarafından kesilmesiyle oluşmakta olup, bu süreç RNA interferans tarafından etkilenen mesajcı RNA degradasyonunu spesifik olarak başlatmaktadır. siRNA’ların tüm ökaryotlarda gen regülasyon mekanizmasının önemli bir parçası olduğu bilinmektedir. Son yıllarda, bu metot gelecek vaadeden bir tedavi yöntemi olarak yoğun ilgi görmekte ve bu alanda birçok çalışma gerçekleştirilmektedir. Bu çalışmada, akciğer kanserinde görülen CXCL7 genini susturmak için siRNA sekansları tasarlanmış ve transfeksiyon optimizasyonları yapılmıştır. Susturma düzeyleri fare kanser hücrelerinde Akım Sitometrisi cihazı kullanılarak hesaplanmıştır. Anahtar Kelimeler: RNA interferans, Kemokin, siRNA, CXCL7, Akciğer Kanseri

The effect of virus induced gene silencing of fasassociated factor 1 in Blumeria graminis infected barley Virüs ile susturulmuş FAF1 geninin Blumeria graminis ile enfekte olmuş arpadaki etkisi

Patojenler sebebiyle olan tahıl kaybı tarımda devam eden bir problemdir. Bu patojenlere karşı bitkinin rezistans ve hassasiyet mekanizmaları açıklamak tarımda ilerleme vaat ediyor. Arpanın Blumeria Graminis hordei 103 (Bgh 103) mantarına karşı rezistansı anlama yolunda fas ile ortak faktör 1 (FAF1) genini Virüsle indükte edilmiş gen susturması (VİGS) tekniği ile susturduk. Labımızda olan önceki çalışmalarda FAF1 geninin mantar ile enfekte olmuş buğdaydaki mRNA seviyeleri yükselmiş, böylece bu genin mantara karşı rezistans mekanizmasında rol oynadığını öne sürüyor. Hipotezimiz FAF1’i bitkinin Aşırı Tepki mekanizmasında dahil ederek FAF1′ in hayvanlardaki apopotik rolü bitkilerde de korunmuş oması idi. Arpadaki FAF1 genini Vigs ile susturduk ki arpanın Blumeria graminis hordei 103 mantarına karşı Aşırı Tepkiyi engel olmuş olalım ve bunun için arpanın Pallas01 (mantara rezistant) ve Pallas03 (mantara hassas) dizileri kullanıldı. Sonuçlarımıza göre FAF1 in susturulması Pallas01 dizisinde lesyonların rezistanstan dolayı oluşması engellenmedi . Bu da FAF1 in VİGS ile susturulması apoptosisi durdurmak için yeterli olmadığını gösterir. FAF1 in susturulduğu arpanın hassas olan dizisinde ise konidia sayısının yükseldiğini gördük. Bu sonuçlar gösteriyor ki arpadaki FAF1 geninin susturulması bitkiyi mantar stresine karşı daha hassas yapıyor fakat apoptosisi durduracak seviyeye kadar değil. FAF1 in rezistans mekanizmasındaki rolü bir katalizatör olması bu da apoptotik yolunda bu genin protein degredasyonunda yardım etmesidir. FAF1 in sonunda UBX domainin bulunması bu rolü daha fazla konfirme ediyor. Başka proteinlerde çalışılmış bu domain hakkında veriler FAF1 in protein degradasyonunda rol oynadığını ıspatlıyor. FAF1 ile rezistanla ilgili bir çok protein’in mRNAsında kısa bir homoloji bulduk. Bu da FAF1’in VİGS ile susturulmasından ortaya çıkan kısa engeleyici RNAların bir hedefi olabilir. Böylece arpanın mantara karşı olan hassasiyet hakkında başka bir protein de sorumlu olabilir.

Cloning, transformation and wheat infiltration assay ofa Puccinia striiformis f. sp. tritici effector candidate Bir Puccinia striiformis f. sp. tritici efektör adayının klonlanması, transformasyonu ve buğdayda infiltrasyon analizi

Puccinia striiformis f. sp. tritici küresel ölçekte en çok zarar veren ve ekonomik önemi olan buğday hastalıklarından birisinin, sarı pas hastalığının nedeni olan patojendir. Mantar ilaçlarının kullanımı hastalığa karşı pratik bir çözüm sunsa da daha verimli, etkili ve çevre problemlerine duyarlı yaklaşımlara gereksinim duyulmaktadır. Bunu başarmak için bitki ve patojen ilişkisi moleküler ve hücresel düzeyde anlaşılmalıdır. Patojen efektörleri bitki-mikrop etkileşiminde moleküler labirentleri keşfetmek için bir anahtardır. Puccinia genomu için sürdürülen sekanslama projelerindeki ilerlemeler ve yeni stratejilerin geliştirilmesiyle beraber araştırmacılar efektör adaylarını bulabilmek ve biyolojik analizlerde test edebilmek için şimdi bir şans yakaladılar. Bu tezde, Puccinia striiformis f. sp. tritici patojenine ait bir efektör adayı, hücre içi konumu saptayabilmek, efektör adayının etkileşime geçtiği konukçul faktörleri belirleyebilmek ve de avirülens testinin yapılabilmesi için ilgili üç ayrı vektöre klonlandı. Biyoinformatik programlarının ve anlatım düzeyi sonuçlarının yardımıyla PstHa15N21 patojen geni (Yin et al., 2009a) bu çalışmanın efektör adayı olarak belirlendi. Efektör geni bir gateway varış vektörü olan pK7FWG2?a hücre içi konumunu agroinfiltrasyon yöntemiyle saptayabilmek için klonlandı. Tip III Salgı Sistemi protein geni içeren vector, pEDV6, ise P. fluorescens (EtHAn) bakterisi yoluyla efektörün buğdaya aktarılmasını sağlamak için kullanıldı, Bu sayede bitkide hiper duyarlı yanıta dayalı avirülanslığın sınanması için çalışılabildi. Son olarak, ilgili gen N-terminus ucunda FLAG başlığı takılı olarak pJL48-TRBO anlatım vektörüne klonlandı. Klonlanan bu yapı daha sonra agroinfiltrasyon yöntemiyle bitkiye aktarılacak ve ko-immunopresipitasyon analizleri ile etkileşen bitki faktörlerinin sonraki çalışmalarda saptanması mümkün olacaktır.

A sensitive and selective ratiometric near IR fluorescent probes for zinc and mercury ions based on the distyryl-bodipy fluorophore Çinko ve civa iyonları için di-stiril bodipy floroforuna dayalı hassas ve seçici oransal yakın kızıl ötesi floresans probları

Son yıllarda, kırmızı görünür ya da yakın-IR bölgede yayan ve absorbe eden yakın-IR boyalar, tıbbi kimya ve biyokimya alanlarında büyük ilgi çekmiştir. Bu ilgi, biyolojik ve çevresel süreçlerindeki metal iyonlarının çeşitli notlarından kaynaklanmaktadır. Bundan dolayı katyon oluşumunda seçici ve duyarlı sensörler her zaman birçok araştırmacı için ilgi çekici bir konu olmuştur. Sonuç olarak, algılayıcı alanındaki araştırmalar arasında, floresan tabanlı algılayıcılar benzerlerine kıyasla en verimlisi ve en uygun olanlarıdır. Bu çalışmamızda Zn (II) ve Hg (II) katyonları için seçici bir florofor olan BODIPY tabanlı yakın-IR boyaların sentezlenmesini hedefledik. Ayrıca çok yönlü BODIPY floroforu 3 ve 5 pozisyonlarından uzun dalga boyu emisyon için basamak basamak birden çok ve farklı fonksiyonel gruplar ile fonksiyonlabileceğini gösterdik. Bu çalışmada ayrıca farklı soğurma dalga boyuna sahip iki BODIPY çekirdeği Hg (II) katyonuna uygun bir moleküler algılayıcı oluşturmak için birbirlerine ilk kez Click kimyası stratejisi ile bağlanmıştır.

Investigation of subcellular localization of a yellow rust pathogen effector candidate Sarı pas patojeni efektör adayının hücre içi lokalizasyonunun incelenmesi

Puccinia striiformis f. sp. tritici buğdayda çok önemli hasara neden olan, sarı pas hastalığının oluşmasını sağlayan fungal patojendir. Son derece yıkıcı özelliği olmasından dolayı, sarı pas patojenlerinin de dahil olduğu Puccinia türleri dünya çapındaki buğday üretiminde önemli kayıplara yol açmaktadır. Ekonomik olarak çok önemli bir hastalık olmasına rağmen patojen genomiği ve bitki-patojen etkileşimleri henüz yeterli derecede çözümlenememiştir. Bu hastalığın kontrolü için genetik olarak dayanıklı bitkiler üretmek uzun vadeli çözüm sağlayabilir. Bu tezin amacı, bitki-patojen ilişkilerinin anlaşılmasını geliştirmeye yöneliktir. Bununla birlikte, Puccinia patojeninin ve salgılanan efektör proteinlerin karakterizasyonu bu çabalar için yardımcı olabilir. Bu tez çalışmasında, Puccinia striiformis f. sp. tritici?nin efektör gen adaylarından birisi olan Pstaha12h2 konakçı bitkideki enfeksiyon sırasındaki görevi ve sarı pas hastalığına sahip buğdaydaki (Triticum aestivum L.) konakçı faktörleriyle etkileşimi incelenecektir. Bu efektör geni `N-terminal? bölgesinde FLAG-Tag ve PacI-NotI uçlarıyla sentezlettirilmiştir. Bu gen pK7WGF2 `gateway? vektörüne klonlanmıştır ve daha sonra Nicotiana benthamiana bitkisinde anlatımı için `agrobacterium?a aktarılmıştır. Bunu yaparak Nicotiana benthamiana?da GFP ekspresyonuyla aday efektör genin hücre içi lokalizasyonu belirlenebilecektir. Ek olarak, bu gen yine bir `gateway? vektörü olan pEDV6?e klonlanmıştır. Pseudomonas fluorescens transformasyonu yoluyla buğday yapraklarında ekspresyon sağlanıp aday efektör geninin sağlamasıyla hiper duyarlı cevap (hypersensitive response) verilmesi incelenmesi daha sonra yapılacaktır. P. fluorescens bakteri sisteminin avantajı, efektör genlerinin bakterinin tip III salgı sistemiyle direk buğday hücrelerine girmesidir. Transformasyondan sonra P. fluorescens süspansiyonları bitki çeşitlerine infiltre edilip, efektör genlerinin transferi hidrojen peroksit oluşumlarının boyanmasıyla test edilecektir. Ayrıca bu genin pJL48-TRBO vektörüne klonlanmış agrobacterium gen transferi yoluyla N. benthamiana?da ekspresyonu incelenmesi ve ekspresyonu sağlanan protein FLAG-Tag ile Kütle spektrometre yöntemi ile etkileşime giren aday efektör protein tanımlanması daha sonra yapılacaktır.

Molecular characterization of Blumeria graminis f. sp. hordei using AFLP markers Arpa Blumeria graminis f. sp. hordei izolatlarının AFLP markörleri kullanılarak moleküler karakterizasyonu

Külleme (Blumeria graminis f. sp. hordei ) arpada (Hordeum vulgare) hastalığa sebep olan bir zorunlu parazittir. Külleme arpadan elde edilen verimi çok büyük ölçüde azaltan, arpayı en tahrip edici patojenlerdendir. Arpadaki kaybı azaltabilmek ve hastalığı yenebilmek için, gerek hastalığı gerekse konağı inceleyen pek çok çalışma yapılmaktadır. Ancak patojenin çok hızlı evrim geçirebilme özelliği, mantar öldürücü gibi tarım ilaçlarının işlevsel kullanımı ya da ırka-özgü direnç geni taşıyan varyetelerle, duyarlı ancak yüksek verimli varyetelerin çaprazlaması ile dayanıklı ve yüksek verimli ırk elde edilmesi gibi faktörleri etkisiz hale getirmektedir. Patojen ile konağın arasındaki ilişkinin çalışma mekanizmasını anlayabilmek ve arpadaki verim kaybına uzun soluklu çözümler üretebilmek için moleküler yöntemler kullanılmalıdır. Bu çalışmada, Türkiye?de Çukurova Bölgesi?nden toplanan Türk Blumeria graminis f. sp. hordei varyeteleri, moleküler karakterizasyonu yapılmak üzere Çoğaltılmış Parça Uzunluk Polimorfizmi (ÇPUP) moleküler markör yöntemi ile incelenmiştir. Otuzsekiz örnek, sekiz virülens genleri önceden çalışılmış, evrensel ırklar ile analiz edilmiştir. ÇPUP çalışmaları LI-COR 4300 DNA Analizör cihazı ile yapılmıştır. Biyoinformatik çalışmalar NTSYS programı ile yapılmıştır. Bu Sayısal Taksonomi Sistemi?nin yardımı ile benzerlik, başkalık, gruplama, dendogram, iki-boyutlu dağılım grafiği, üç-boyutlu perspektif grafiği elde edilmiştir. Bu bilgilerin ışığında Türk Blumeria graminis f. sp. hordei varyeteleri üç gruba ayrılmıştır. Sonuç olarak, Türk Blumeria graminis f. sp. hordei varyetelerini çalışmak ve onları evrensel ırklarla karşılaştırmak, ilk kez Türk külleme varyetelerinin karakterizasyonu ve direnç genlerinin ters genetik yöntemler ile çalışılması için ön çalışma olması bakımından önemlidir.