DOÇ. DR. MELTEM YALINAY ÇIRAK

Üropatojen Escherichia coli kökenlerinde kinolon direncinin moleküler yöntemlerle gösterilmesi

Üropatojen E.coli, idrar yolu enfeksiyonlarına yol açan ve antibiyotik direncinin sorun olduğu bakteridir. Son yıllarda, hem toplum kaynaklı hem hastane kaynaklı İYE’dan izole edilen E.coli’de antimikrobiyallere karşı direnç artışı görülmektedir. Bu çalışmanın amacı; üropatojen E.coli suşlarında kinolon direncinin konvansiyonel ve moleküler yöntemler kullanılarak saptanmasıdır. Hastanemize gönderilen idrar örneklerinden izole edilen 102 E.coli çalışmaya alınmıştır Bu örneklerin konvansiyonel yöntemlerle tiplendirilmesi yapılmıştır. E.coli suşlarının CLSI önerilerine uygun olarak agar dilüsyon yöntemi ile siprofloksasine, ofloksasine ve levofloksasine olan duyarlılıkları araştırılmıştır. E.coli’de kinolon direncine sebep olduğu düşünülen ve üzerinde en çok çalışılan bölge DNA giraz geninin A altünitesidir. Kinolonlara dirençli olan suşlardan seçilen 28 E.coli suşuna gyrA gen bölgesinin dizi analizi yapılarak moleküler olarak incelenmiştir. Elde ettiğimiz verilere göre, agar dilüsyon metodu ile siprofloksasine, ofloksasine ve levofloksasine duyarlılıkları araştırılan 102 E.coli suşunun 34’ünde (%33.33) direnç görülürken, orta düzeyde direnç oranı 6 suşta (%5.88) ve duyarlık oranı ise 62 suşta (%60.78) tespit edilmiştir. gyrA geninde yapılan dizi analizinde 83. ve 87. kodonlarda mutasyonlar saptanmıştır. gyrA gen bölgesinin dizi analizi sonuçları incelendiğinde, 83. kodonda serinin lösin aminoasidine ve 87. kodonda aspartik asidin asparajin aminoasidine dönüşümü sonucu oluşan mutasyonlar siprofloksasin, ofloksasin ve levofloksasin dirençli 28 E.coli suşun 24’ünde (%85.71) saptanmıştır. 4 suşta (%14.28) ise gyrA gen bölgesinde mutasyon saptanmamıştır. Üropatojen E.coli’lerde kinolonlara karşı direnç artışının görülmesi nedeniyle antimikrobiyal direncin aydınlatılabilmesi için moleküler çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Mutasyonla ilgili olan gyrA gen bölgesi üzerinde en fazla çalışılan bölgedir. Çalışmamızda elde ettiğimiz sonuçlar üropatojen E.coli kinolon direncinin moleküler profilini ortaya koymaktadır. Ancak kinolon direncinin bütün ayrıntıları ile tanımlanabilmesi için direnç ile ilgili olabilecek diğer bölgelerden olan gyrB, parC ve parE gen bölgelerinin de araştırılması, direncin moleküler özelliklerinin ortaya konulabilmesi açısından gereklidir.

Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde kinolon direncinin moleküler olarak saptanması

Pseudomonas aeruginosa hastalarda ciddi seyirli enfeksiyonlara yol açan ve antibiyotik direncinin sorun olduğu bir patojendir. Son yıllarda, hem hastane hem de toplum kaynaklı enfeksiyonlardan izole edilen P. aeruginosa’da antimikrobiyallere karşı direnç artış göstermektedir. Bu çalışmanın amacı, P. aeruginosa suşlarında kinolon direncinin konvansiyonel ve moleküler yöntemler kullanılarak saptanmasıdır. Hastanemize gönderilen çeşitli örneklerden izole edilen 93 nonfermentatif bakteri konvansiyonel yöntemlerle tiplendirilmiştir. Tiplendirilen 39 P.aeruginosa suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Bu P. aeruginosa suşlarına CLSI önerilerine uygun olarak agar dilüsyon yöntemi ile ofloksasine olan duyarlılıkları araştırılmıştır. P. aeruginosa’da kinolon direncine sebep olduğu düşünülen ve üzerinde en çok çalışılan bölge DNA giraz geninin A altünitesidir. Ofloksasine duyarlı ve dirençli tüm P. aeruginosa suşlarına gyrA gen bölgesinin dizi analizi yapılarak moleküler olarak incelenmiştir. Elde ettiğimiz verilere göre, agar dilüsyon metodu ile ofloksasine duyarlılıkları araştırılan 39 P. aeruginosa suşunun 14’ünde (%35,89) direnç görülürken, orta düzeyde direnç oranı 3 suşta (%7,69) tespit edilmiştir. gyrA geninde yapılan dizi analizinde farklı kodonlarda mutasyonlar saptanmıştır. gyrA gen bölgesinin dizi analizi sonuçları incelendiğinde, 83. kodonda treonin aminosidinin izolösin aminoasidine dönüşümü sonucu oluşan mutasyon yalnız ofloksasine dirençli 5 suşta (%12,82) saptanmıştır. Duyarlı suşlarda da çok sayıda sessiz mutasyon gözlenmiştir. gyrA geninde incelenen diğer kodonlarda da çok sayıda sessiz mutasyonlara rastlanmıştır. Çalıştığımız örneklerde en sık rastlanan sessiz mutasyon 132. kodonda gösterilmiştir. 6 P. aeruginosa (%15,38) suşunda ise hiçbir değişikliğe rastlanmamıştır. P. aeruginosa suşlarında kinolon direncinin gyrA gen bölgesinin moleküler analizi ile değerlendirildiği bilindiği kadarıyla ülkemizde yapılan ilk çalışmadır. P.aeruginosa’ya yüksek direnç görülmesi nedeniyle antimikrobiyal direncin aydınlatılabilmesi için bu gibi çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Dirençle ilişkili olabilecek gyrB, parC ve parD gen bölgelerininde araştırılması, direncin moleküler özelliklerinin ortaya konulabilmesi açısından gereklidir.