DOÇ. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU

Van gölü prokaryotik çeşitliliğinin araştırılması Investigation of prokaryotic diversity van lake

Bu çalışmada, Van Gölü?nün prokaryotik çeşitliliği araştırılmıştır. Van Gölü?nden Merkez, Tatvan, Ahlat ve Edremit kıyılarından örnekler alınmıştır. İzolasyon %2, %3, %5, %10 ve %12 MGM, Alkalin Nutrient Agar, Horikoshi I ve II besiyerleri, Nişasta Kazein Agar, Aktinomiset İzolasyon Agar ve Gliserol Yeast Extract Agar besiyerlerinde gerçekleştirilmiştir. Besi ortamlarından elde edilen saf kolonilerden 16S rRNA genine spesifik PCR yapılmış ve 16S PCR ürünlerine amplifiye ribozomal DNA restriksiyon analizi (ARDRA) uygulanmıştır PCR ürünlerinin saflaştırılması ile nükleotid dizisi belirlenmiştir. Farklı örnekleme bölgelerine ait toplam 124 izolattan 40 farklı strain dizilenmiştir. 16S rRNA gen dizileri NCBI?da BLAST programı kullanılarak referans diziler ile karşılaştırılmıştır. BLAST sonuçlarına göre, Van Gölü?nden baskın olarak Bacteria domainine ait Halomonas, Alkalimonas, Marinobacter, Vibrio, Rhodococcus belirlenmiştir. Kültür bağımsız yöntemlerden denatüre edici gradient jel elektroforezi (DGGE) ve Floresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemleri de populasyon dinamiklerini çalışmak için uygulanmıştır. DGGE yönteminden elde edilen dizi analiz sonuçlarına göre Bacteria domainine ait Citrobacter sp. belirlenmiştir. Floresan in situ hibridizasyon (FISH) uygulanmıştır. FISH sonuçları ile örneklerde Bacteria üyesi mikroorganizmaların dominant olarak belirlenmiştir ve bazı örneklerde sadece bakteriyel floresan ışıma alınmıştır. Van Gölü?nün prokaryotik çeşitliliği karakterize edilmiştir ve bazı strainlerin varlığı Türkiye?de ilk kez gösterilmiştir. Ayrıca alkalifillerle ilgili kapsamlı bir çalışma ülkemizde ilk kez gerçekleştirilmiştir.

Farklı kaynak tuzlalarındaki prokaryotik çeşitliliğin belirlenmesi Determination of the prokaryotic diversity in different spring salterns

Bu çalışmada kültür-bağımlı ve moleküler teknikler kullanılarak Türkiye’deki 7 farklı kaynak tuzlasının prokaryotik çeşitliliğinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Nisan 2011- Haziran 2012 tarihleri arasında seçilen tuzlaların hem kaynak hem de havuz kısımlarından iki kez örnekleme yapılmıştır. Kültür-bağımlı çalışmalarda farklı besiyerleri kullanılıp gelişen kolonilerden 397 tane izolat seçilerek 16S rRNA geni amplifiye edilmiş, restriksiyon rDNA analizi (ARDRA) metodu ile analiz edilip 44 farklı profil belirlenmiştir. Profilleri belirlenen 44 izolattan 28 tanesi seçilerek bu izolatların 16S rRNA geninin dizi analizleri gerçekleştirilmiştir ve bunların Archaea domaininden Haloarcula, Haloferax, Halorubrum ve Halobacterium; Bacteria domaininden Halomonas, Salinibacter, Rhodovibrio, Salinivibrio, Salicola, Idiomarina, Marinobacter, Chromohalobacter genusuna ait oldukları belirlenmiştir. Floresan in situ hibridizasyonu (FISH) yönteminde evrensel problar ve DAPI boyası kullanılarak kaynak örneklerinde mikrooganizma yoğunluğunun düşük; havuz örneklerinde ise oldukça yoğun ve kare şekilli Archaea örneklerinin birçok tuzlada baskın olduğu gözlenmiştir. DGGE yöntemi ile Archaea jelinin analiz sonucu Halorubrum sp., Haloquadratum walsbyi ve Halonotius pteroides’in varlığı ortaya konmuştur. Anahtar kelimeler: Kaynak Tuzlaları, Halofilik Archaea/Bacteria, DGGE, FISH